做为少林寺的得道高僧，竟然与叶二娘有情，并生育一子。之后抛弃他们母子，做了少林寺的方丈，此乃不义。

因为曾经救治过重病中的叶二娘父亲，二娘对他感激仰慕，以身相许，二人在紫云洞中相会，叶二娘珠胎暗结，玄慈找孙婆婆为二娘接生后，悄然离开叶二娘，之后对他们母子二十多年不予理睬，以至于亲生骨肉就在他的身边却不自知。在天下人面前，他是身份尊贵的少林方丈，而对于叶二娘母子，他薄情寡义，身为得道高僧，却不能自持，实属道貌岸然的伪君子所为。

然而在少室山天下英雄面前，当叶二娘被萧远山逼问：

你这孩儿到底被谁偷去？孩子的父亲是谁？当年你也是个大好的姑娘，温柔端庄，却被一个武功高强、大有身份的男子引诱，失身于他，继而生下孩子，男子不顾你未嫁产子的凄惨处境，为了自己的前程把你抛弃。他今天就在现场，你为什么不把他指认出来！

就在叶二娘把所有责任揽到自己身上，极力维护掩盖玄慈的身份时，玄慈站了出来，在天下英雄面前勇敢地认下儿子虚竹，一个父亲的担当，让他放下自己至高无上的方丈身份，自罚杖责二百棍后，自绝经脉而死，在天下英雄面前谢罪！大丈夫！真男人！

听信慕容博，带着丐帮帮主汪剑通等二十多名武林高手，杀害去岳父母家走亲戚的萧远山一家，知道真相后追悔莫及，将萧峰送给乔三槐夫妇抚养，并安排玄苦大师和汪剑通传授萧峰武艺。

三十年前，燕国后人慕容博假传消息，说契丹国有大批武士要偷袭少林寺，并想将寺中收藏数百年的武功图谱，一并夺去。于是，中原武林的二十余名高手，在带头大哥玄慈的带领下，埋伏在雁门关，误杀了准备去外公外婆家的萧峰母亲，萧峰父亲萧远山击毙大部分中原高手后，在石壁上手写遗书，跳崖自尽。

玄慈等人发现被慕容博利用后，追悔莫及，遂将契丹婴儿萧峰交给乔三槐夫妇抚养，取名乔峰，玄苦大师教授武艺，赎罪之举也算有义。三十年后，萧远山将乔三槐夫妇、玄苦大师等知情人逐个杀死，罪名落在乔峰头上，乔峰被天下人唾弃追杀，而乔峰苦苦寻找的带头大哥玄慈，却没有站出来向天下人道明真相；没有告诉乔峰，自己是带头大哥；放任昔日的生死之交一个个被萧远山杀死，此乃不义。